財政部北區國稅局表示，納稅義務人與配偶無分居事實卻分開辦理綜合所得稅結算申報，致應申報課稅的所得額或應納稅額短漏者，除依法補稅外，尚須按所漏稅額處1倍罰鍰。
該局舉例說明，轄內某甲與其配偶分開辦理101年度綜合所得稅結算申報，且未於申報書內載明配偶關係，經該局查獲後，以甲為納稅義務人合併課徵，除補徵應納稅額外，並按所漏稅額處1倍罰鍰。甲君不服，申經復查及訴願均遭駁回。
財政部訴願決定駁回意旨略以，綜合所得稅係採自行申報制，乃重在誠實報繳為前提，納稅義務人取有所得即應自行申報，俾符合稅法規定；又依所得稅法第15條及第17條第1項規定，除規定申報採家戶制外，亦考量整體家庭情況給予免稅額及扣除額等項目減除，以達量能課稅目的，並兼顧租稅公平原則，即納稅義務人本人、配偶及受其扶養親屬等各類所得應合併報繳，縱夫妻分居，仍應於結算申報書配偶欄內填載配偶資料，以供稽徵機關合併課稅，如未依法合併申報或短漏報所得者，依所得稅法第110條第1項規定，即應予處罰。況甲君與其配偶於100年度以前綜合所得稅皆依規定合併申報，系爭年度的綜合所得稅結算申報書亦填載相同通訊地址，可見甲君並非不能將其配偶所得合併申報，然甲君卻選擇與配偶分開申報，且配偶欄互不填載資料，核其漏報所得的行為，尚非不可避免，難謂其主觀上無違反所得稅法第110條第1項規定的過失責任，自應論罰。
該局進一步說明，所得稅法第15條雖於104年1月21日修正增訂自103年1月1日起，納稅義務人與其配偶有各類所得者，得選擇各類所得分開計稅，惟仍維持家戶申報制，亦即夫妻除有符合分居要件可分開申報外，仍應由納稅義務人合併申報綜合所得稅。因此，特別呼籲納稅義務人留意新制的適用，如有因誤解法令而夫妻分開申報者，於未經檢舉或稅捐稽徵機關查獲前，請儘速辦理補報繳，即可免除行政處罰。
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