公司從事研究發展，除了可促進產業創新，提升企業競爭力外，還可以享受抵減所得稅的優惠，抵減金額是以研究發展支出金額的15%計算，最高可以抵減公司當年度應納稅額的30%，但是，公司必須特別注意要在規定期限內向主管機關提出申請，才能順利獲取抵稅優惠。
南區國稅局表示，自100年度起，公司研究發展支出要申請適用投資抵減者，必須在當年度所得稅結算申報期間開始前3個月起至申報期間截止日內，檢具有關文件向中央目的事業主管機關申請認定其當年度研究發展活動是否符合適用投資抵減獎勵之規定。
以102年度結算申報為例，採用曆年制的公司，應在103年2月1日起至6月3日止檢具相關文件向中央目的事業主管機關申請認定其102年度之研究發展活動是否符合獎勵規定，並且在103年5月間辦理102年度所得稅結算申報時，依規定格式填報後一併向國稅局提出抵稅申請，才算符合研究發展支出抵稅申請之程序。
國稅局指出，南部有家科技工業公司101年從事研究發展支出800多萬元，辦理當年度所得稅結算申報案件時，雖依規定填報向國稅局申請研究發展支出投資抵減稅額120多萬元，卻因為該公司並未依規定在102年2月至5月間向經濟部工業局申請審查認定，致無法適用投資抵減，而遭國稅局核定補徵稅額120多萬元及加計利息。
該局特別提醒，採曆年制的公司，102年度如要適用研發支出抵稅獎勵者，最遲應於103年6月3日前，向中央目的事業主管機關申請研究發展活動或專案支出之認定，並且在5月間辦理所得稅結算申報時要一併填報申請，以免影響抵稅權益。
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